Αντίστοιχα με τη Γαστροσκόπηση, η Κολονοσκόπηση είναι η καλύτερη διαγνωστική μέθοδος των παθήσεων του κατώτερου πεπτικού (παχύ έντερο, τελική μοίρα του ειλεού).
Λαμβάνει χώρα με την προώθηση ενός εύκαμπτου ελαστικού σωλήνα, διαμέτρου έως 1,2 εκ., έως τις εν λόγω περιοχές ενδιαφέροντος.
Η εξέταση αυτή απαιτεί μία προετοιμασία με υδρική δίαιτα και λήψη καθαρτικού την προηγουμένη, έτσι ώστε να είναι καθαρό το έντερο και να δίνει τη δυνατότητα καλής παρατηρησιμότητας του βλεννογόνου.
Ο ασθενής λαμβάνει μέθη ή και αναλγησία προ της ενάρξεως της εξετάσεως, η διάρκεια της οποίας εξαρτάται από το μήκος, την πολυελικτικότητα του εντέρου, καθώς και από την παρουσία πιθανών συμφήσεων από προηγούμενες επεμβάσεις στην κοιλιακή χώρα.
Ένας μέσος όρος ολοκλήρωσης της εξέτασης είναι 20 – 30 λεπτά.
Ο ασθενής μετά την εξέταση μπορεί να είναι λίγο ζαλισμένος ή να έχει λίγο φούσκωμα στην κοιλιά, λόγω του αέρα που έχει βάλει ο ιατρός για τον καλύτερο έλεγχο του βλεννογόνου. Ο αέρας αυτός σιγά-σιγά αποβάλλεται ή απορροφάται από το έντερο.
Tο πόρισμα δίδεται άμεσα, ενώ εντός ημερών έρχονται και τα αποτελέσματα των βιοψιών που τυχόν ελήφθησαν.